PyMOL

O PyMol é uma ferramenta complexa, desenvolvida para profissionais da ciência que precisem de conhecer a estrutura molecular de diferentes substâncias. A aplicação é muito completa, open source, e não é adequada para principiantes. O programa permite uma grande variedade de ações, incluindo: unir ou partir moléculas, selecionar arbitrariamente átomos, renderizar as imagens em alta qualiade, etc. Para trabalhar com o PyMol pode usar em simultâneo o interface gráfico e a linha de comandos. A partir do menu da aplicação tem acesso a imensas opções de configuração: zoom, textos, cores, etc. Uma das funções mais interessantes desta ferramenta é a capacidade de criar vídeos a partir do movimento das estruturas moleculares carregadas no programa. Se faz frequentemente uma mesma tarefa, o PyMol suporta scripts para lhe evitar ter de repetir várias vezes os mesmos passos. A função de renderização do PyMol usa tecnologia 'built-in ray', que proporciona sombreado e ilusão de profundidade em praticamente qualquer cenário. O formato de saída do PyMol é o PNG.