Pencil Project é uma ferramenta gratuita e open-source que você pode usar para desenvolver protótipos de sites. É de grande ajuda para designers e desenvolvedores, já que ela te permite preparar documentação de proposta para clientes de forma fácil e rápida.
Então, você pode rascunhar todo um site num mesmo arquivo, exportável para formatos PNG, HTML ou PDF.
Pencil Project te dá a opção de desenhar seus próprios modelos e criar protótipos, tão quanto operações padrão de desenho: alinhamento, ordem Z, escala, rotação, dimensões etc.
Finalmente, você pode exportar seu trabalho para vários formatos, incluindo imagens, PDF, OpenOffice e mais.